Była pierwszą członkinią dziewczęcej grupy "Morning Musume", która odeszła w atmosferze skandalu. Managerowie grupy dbają o nieskazitelny i niewinny wizerunek członkiń zespołu, a Mari, wówczas dwudziestodwuletnia, została przyłapana przez reporterów plotkarskiej gazety Friday Magazine na randce z <a href=http://www.filmweb.pl/Person?id=247372>Shun em Oguri</a>. Mimo iż Oguri starał się wspierać Mari w czasie burzy medialnej, para rozstała się rok po ujawnieniu ich związku - w kwietniu 2006 roku. Oficjalnie obydwoje tłumaczyli, że nie mogą sobie poświęcać obecnie tyle czasu, ile potrzebują, ze względu na obowiązki zawodowe.
Mari Yaguchi planuje rozpocząć solową karierę jako wokalistka.