Yagami Light, jeden z najtęższych umysłów Japonii, wpada w posiadanie niezwykłego notatnika, który okazuje się własnością boga śmierci. Po wpisaniu do niego czyjegoś nazwiska, następuje zgon wybranej osoby w ciągu zaledwie 40 sekund. Kierując się idealistycznymi pobudkami, postanawia wykorzystać nowo zdobyty przedmiot w celu "ulepszenia świata", w tym wypadku oczyszczenia go z wszelkiego zła, które wyrządzają notoryczni przestępcy. Po serii morderstw rząd postanawia podjąć drastyczne środki zapobiegawcze. Wynajmuje niezwykłego detektywa, który ma za zadanie odkryć, kto stoi za tymi przerażającymi zbrodniami.

Historia zaczyna się, gdy uczeń liceum Yagami Raito znajduje notatnik na szkolnym trawniku. Okazuje się, że jest to Notes Śmierci używany przez Shinigami do zabijania ludzkich istot. Młodzieniec szybko zdobywa wiedzę co do sposobu wykorzystania nowego nabytku. Dążąc do celu jakim jest zabijanie przestępców w Japonii, zaczyna wierzyć, że posiada władzę decydowania kto zasługuje na dalsze życie, a kto nie.

Pewnego dnia Bóg Śmierci imieniem Ryuk gubi w świecie ludzi notatnik zwany "Death Note". To z pozoru niewinne wydarzenie stanie się początkiem wielkiego starcia pomiędzy dwoma geniuszami - Lightem Yagami, który pod pseudonimem Kira (ang. killer) będzie oczyszczać świat ze wszelkiego zła, a tajemniczym detektywem L, postrzegającym działania przeciwnika jako zwyczajne morderstwa. Rozpoczyna się pełna napięcia gra, z której tylko jeden może wyjść zwycięsko.