Akcja serialu "Pingwiny z Madagaskaru" rozgrywa się po wydarzeniach z filmu "Madagaskar 2". Alex, Gloria, Melman i Marty zostają w Afryce, podczas gdy pingwiny wraz z królem Julianem i jego paczką wyruszają na podbój zoo w Central Parku. Tam poznają nowych przyjaciół, z którymi przeżyją mnóstwo zwariowanych przygód.

Skipper, Kowalski, Rico i Szeregowy tworzą niezrównaną bandę pingwinów-komandosów, którzy po zamieszkaniu w zoo, w nowojorskim Central Parku, strzegą porządku wśród zwierzęcych mieszkańców. Każdy z nich ma inne zdolności pozwalające wykaraskać się z najgorszej sytuacji. W każdym odcinku przeżywają nowe przygody, ale i pakują się w nowe tarapaty.