Pokój nie zagrzał na dłużej miejsca w galaktyce. Choć Samus wygrała bitwę, końca wojny z Kosmicznymi Piratami nie widać. Wstąp do Sił Federacji i stań się członkiem czterosobowego oddziału lokalnego lub sieciowego w kooperacyjnej strzelaninie science-ficiton. Walcz ramię w ramię z członkami swojego oddziału za pomocą wyspecjalizowanych Mechów, aby wyeliminować Kosmicznych Piratów i wszystko, co stanie na waszej drodze.

Wyrusz na samotną misję albo dołącz do trojga przyjaciół, dzięki czemu będziecie dysponowali większą siłą ognia i zaawansowanymi możliwościami taktycznymi. Przed każdą misją wybierasz swoją rolę w oddziale i zwiększasz szanse na przetrwanie, dobierając dodatkową broń i MODyfikacje Mecha. Możesz skupić się na ofensywie lub leczeniu sprzymierzeńców, ale waszą największą siłą zawsze pozostanie współpraca. Działajcie razem, wykonujcie misje, pokonujcie bossów i eliminujcie wrogie stworzenia jako zgrany zespół. Los uniwersum Metroid jest teraz w waszych rękach. Wypełnijcie swoją przysięgę i walczcie w jego obronie… dopóki jest jeszcze czego bronić. Najnowszy rozdział sagi Metroid Prime właśnie się rozpoczął.