Druga odsłona serii "Silent Hill" nie jest bezpośrednią kontynuacją części pierwszej. Wcielamy się tu w zupełnie nowego bohatera - Jamesa Sunderlanda. Pewnego dnia otrzymuje on tajemniczy list od swojej zmarłej przed trzema laty żony Mary. Jest w nim napisane, że pani Sunderland jednak żyje i czeka na swojego męża w mieście, do którego James kiedyś obiecał ją jeszcze raz zabrać, lecz nigdy nie dotrzymał swej obietnicy. Miasteczko to zwie się Silent Hill. Nasz bohater, pełen niepokoju i pytań bez odpowiedzi, postanawia udać się do wspomnianego w liście miejsca aby poznać prawdę i odnaleźć żonę. Jednak wędrówka przez opustoszałe i spowite gęstą mgłą miasto okaże się dużo trudniejsza, niż mu się początkowo zdawało...

James Sunderland otrzymuje od swojej żony Mary list, w którym ta prosi go, by znalazł ją w "specjalnym miejscu" w Silent Hill - miasteczku, w którym kiedyś razem spędzali wakacje. Nie byłoby w tym nic dziwnego, gdyby nie to, że Mary nie żyje od trzech lat. Coś jednak nie daje Jamesowi spokoju do tego stopnia, że decyduje się wyruszyć do Silent Hill i poszukać żony, mimo że sam nie wie, dlaczego to robi. Po dojechaniu na miejsce trafia na Angelę - dziewczynę, która szuka swojej matki. James rozpoczyna poszukiwania, które znacznie utrudnia mu gęsta mgła. Na domiar złego, plamy krwi na ulicy budzą jego niepokój.