Film jest połączeniem fabuł "20 000 mil podmorskiej żeglugi" i "Tajemniczej wyspy". Rząd amerykański otrzymuje informacje o tajemniczym potworze morskim. W celu zbadania sprawy zostaje wysłany okręt "Abraham Lincoln". Okręt zostaje staranowany i zatopiony przez potwora. Stwór okazuje się być okrętem podwodnym zbudowanym przez muzułmańskiego księcia Daakera. Daaker ściga brytyjskiego kupca Charlesa Denvera, który spowodował śmierć jego żony i porwał jego dziecko. Książę Daaker, teraz nazywający siebie kapitanem Nemo, bierze na pokład trójkę ocalałych pasażerów "Abrahama Lincolna".