Trwa letni obóz kół językoznawczych. Kruszyński (Piotr Garlicki), młody magister, dopuszcza do konkursu studenckich prac naukowych spóźnioną dysertację niejakiego Raczyka (Eugeniusz Priwieziencew) z Torunia. Zdaje sobie sprawę, że naraża się rektorowi, który znany jest z niechęci do toruńskiego środowiska naukowego. Sytuację Kruszyńskiego pogarsza entuzjastycznie przyjęcie rozprawy Raczyka przez młodzież. Tymczasem jury nagradza inną pracę - myślowo miałką i bez polotu.

Przenikliwa analiza konformizmu polskiej inteligencji, odkrywająca mechanizmy i układy powodujące, że ludzie wartościowi i uczciwi są eliminowani przez tych bezwzględnych i przebiegłych, których jedyną drogą awansu jest przynależność do wpływowych koterii. Osią fabularną jest spór między dwoma postawami: karierowicza i moralnego konformisty oraz idealisty. Ten naukowy mikroświat jest zarazem metaforą całego polskiego społeczeństwa.

"Barwy ochronne" Krzysztofa Zanussiego są jednym z filmów "kina moralnego niepokoju" lat siedemdziesiątych.
Czołówkę obrazu otwiera animowana sekwencja przedstawiająca płazy i gady, zwierzęta symbolizujące brak charakteru i konformizm bohaterów filmu. Świat, który obserwujemy, jest karykaturą prawdziwych wartości, emocji, ideałów. To opowieść o maskach, które przybieramy ze strachu lub zwykłego konformizmu.
Fabuła filmu koncentruje się na starciu dwóch antagonistów: są nimi cyniczny doc. Jakub Szelestowski (Zbigniew Zapasiewicz) i idealistyczny mgr Jarosław Kruszyński (Piotr Garlicki). Obu poznajemy na obozie studenckim, gdzie odbywa się językoznawcza sesja naukowa. To terytorium, na którym zetrą się ze sobą dwie indywidualności i dwa sposoby widzenia świata. Który z przeciwników wyjdzie z tej walki zwycięsko?

Podczas studenckiego obozu naukowego okazuje się, że przedstawiciele studentów z Torunia zostali skreśleni z listy uczestników przez prorektora uczelni organizującej obóz. Obejmujący kierownictwo młody asystent Jarosław Kruszyński, mimo niechęci prorektora wobec uczelni toruńskiej, przyjmuje do konkursu spóźnioną pracę studenta z Torunia. To tylko początek szeregu dziwnych wydarzeń, o których prawidłowości próbuje przekonać Jarosława cyniczny docent Jakub Szelestowski.

Jeden z najważniejszych filmów "kina moralnego niepokoju", poruszający problem konformizmu polskiej inteligencji. Oś fabularną filmu stanowi konflikt między dwoma postawami. Wyrazicielem pierwszej jest docent Jakub Szelestowski (wielka kreacja Zbigniewa Zapasiewicza) - nie tylko bardzo inteligenty, ale i przebiegły. Świadomie wybrał drogę karierowicza, obfitującą w moralne kompromisy. Szelestowski to typ cynicznego mędrca, wyrachowanego egoisty, nie pozbawionego jednak odruchów buntu wobec własnej postawy
Jego adwersarz, młody magister Jarosław Kruszyński (także znakomity Piotr Garlicki), nie może dostosować się do środowiska, z którym związał swe zawodowe losy. Idealistyczny, momentami naiwny, pełen czystych intencji jest zaprzeczeniem docenta.
Nad oboma bohaterami unosi się jeszcze jak złowrogi cień osoba prorektora, odrażającego snoba o mentalności bazarowego cwaniaka. Wobec tej karykaturalnej, a jednocześnie groźnej postaci ideowo-etyczny spór Jakuba z Jarosławem okazuje się mało istotnym pojedynkiem pięknoduchów. Zawodowe losy obu uczonych nie zależą bowiem od wyniku ich filozoficznej batalii, tylko od kaprysu prorektora.

W trakcie letniego obozu dla językoznawców rozgrywa się konflikt pomiędzy dwoma pracownikami naukowymi, różniącymi się nie tylko wiekiem, ale i postawą życiową. Młody magister Kruszyński jest idealistą; z kolei starszy docent Szelestowski to cynik. Grany przez Zbigniewa Zapasiewicza Szelestowski jest postacią tak zdeprawowaną i charyzmatyczną, że powinien trafić do panteonu ekranowych czarnych charakterów, gdzie miałby za towarzystwo m.in. Dartha Vadera. Przez cały czas stara się pozbawić młodszego kolegę złudzeń na temat akademickiego środowiska i całego świata. Mężczyźni przechadzają się po ośrodku i jego sielskich okolicach, trzymając dłonie dystyngowanie założone za plecami i tocząc długie intelektualne dysputy. Z czasem w ich relacjach jest coraz mniej konwenansów, a coraz więcej otwartej wrogości. Film Krzysztofa Zanussiego to żelazny klasyk kina moralnego niepokoju.