Bayonetta to owoc zakazanego związku przedstawicieli dwóch wrogich sobie kast istot o nadprzyrodzonej mocy. Zbudzona 20 lat temu z wielowiekowego snu, mało pamięta ze swej przeszłości, zajmując się profesjonalnym zabijaniem aniołów. Przypadkowe spotkanie z małą dziewczynką i wścibstwo pewnego reportera pozwala wiedźmie wpaść na trop tajemnic otaczających jej pochodzenie i spisku, który może na zawsze zmienić losy świata ludzi.