Fabularny zapis śledztwa prowadzonego w sprawie morderstwa dokonanego na nieznanym w okolicy człowieku. Podejrzenie opinii publicznej pada na chłopca uznawanego powszechnie we wsi za odludka, za człowieka "innego". Intryga kryje pewne podteksty psychologiczne, które twórca filmu szczególnie eksponuje. Centralną postacią filmu jest komendant posterunku milicji, który prowadzi śledztwo w sposób odbiegający od utartych w tym względzie stereotypów. Pragnie poznać przede wszystkim osobowość oskarżonego, dowiedzieć się, co kryje on w sobie "w środku", dotrzeć do mechanizmu postępowania człowieka posądzonego o przestępstwo.

Kanwą scenariusza "Co jest w człowieku w środku" było opowiadanie Kornela Filipowicza. Treścią filmu jest śledztwo prowadzone przez komendanta prowincjonalnego posterunku policji. Jego cel stanowi zdemaskowanie mordercy człowieka nieznanego okolicznym mieszkańcom. Miejscowa społeczność podejrzewa, że zbrodni dokonał chłop mający we wsi opinię odludka i dziwaka, który po kryjomu majstruje coś w szopie. W opowiadaniu Filipowicza sensacyjna intryga kryła podteksty psychologiczne. Nie przeoczył tego Hübner, którego zainteresował przede wszystkim stosunek społeczności wiejskiej do wszelkiej "inności". Reżyser potraktował wątek kryminalny pretekstowo, próbując odpowiedzieć na pytanie o przyczynę nietolerancji i dyskryminacji. Niebanalnie pokazał też postać komendanta, którego bardziej niż ustalenie, kto zabił, zajmują tajemniczość i "wnętrze" wsiowego odmieńca.