Paryż, początek lat 60. XVII wieku. Aramis (Jeremy Irons) jest zakonnikiem, Portos (Gérard Depardieu) oddaje się zabawie a Atos (John Malkovich) stał się samotnikiem. Jedynie D'Atagnan (Gabriel Byrne) nadal służy monarsze jako dowódca gwardzistów. Tymczasem Francją rządzi despota Ludwik XIV (Leonardo DiCaprio). Gdy doprowadza on do śmierci syna Atosa, dawni przyjaciele łączą siły, by pomścić chłopaka. Decydują się uwolnić z Bastylii brata bliźniaka władcy, Filipa, i osadzić go na tronie zamiast Ludwika.

Rok 1664. Trzej muszkieterowie przeszli w stan spoczynku. Humory psuje im jednak nowy król - Ludwik XIV (Leonardo DiCaprio). Miarka przebiera się, kiedy władca zwrócił uwagę na narzeczoną Raoula (Peter Sarsgaard) - syna Atosa (John Malkovich). Władca wysyła młodego człowieka na wojnę, aby uwieść dziewczynę. Raoul ginie w walce, a zrozpaczony Atos postanawia się zemścić. Pomogają mu w tym Portos (Gérard Depardieu) i Aramis (Jeremy Irons). Przyjaciele dowiadują się, że Ludwik ma bliźniaczego brata, który trzymany jest w Bastylii, a jego twarz skrywa żelazna maska.

Pełna akcji i przygód opowieść o ponownym spotkaniu sławnych trzech muszkieterów i D'Artagnana, w której walczą "jeden za wszystkich i wszyscy za jednego" w obronie honoru króla i za przyszłość kraju. Leonardo DiCaprio występuje w podwójnej roli - okrutnego króla Ludwika XIV i tajemniczego więźnia z twarzą ukrytą pod żelazną maską. Paryż głoduje, ale król Ludwik XIV bardziej zainteresowany jest miłostkami, rozpustą i dworskimi intrygami niż losem swych poddanych. Trzej muszkieterowie, w których role wcielili się znakomici Jeremy Irons, John Malkovich i Gerard Depardieu obmyślają śmiały plan uwolnienia Francji spod tyranii króla. Jedynie D'Artagnan (Gabriel Byrne) stoi im na drodze.

We Francji panuje głód. Królowa matka jest umierająca. Czując nadchodzącą śmierć, wzywa do ostatniej spowiedzi Aramisa, byłego muszkietera i kochanka, obecnie jezuitę. Wyjawia mu straszną tajemnicę. W Bastylii przebywa Filip prawowity następca tronu, brat bliźniak Ludwika XIV. Okrutny król, nie dość, że podstępnie wtrącił go do twierdzy, to jeszcze skazał na noszenie żelaznej maski, by nikt nie mógł rozpoznać więźnia. Tuż przed zgonem królowa rozkazuje muszkieterom uwolnić Filipa i zwrócić mu tron.