Marlow to ambitny i żądny przygód żeglarz, zatrudniony przez angielską firmę handlową i wysłany do kolonii afrykańskiej. Płynie w górę rzeki, odwiedzając punkty handlowe, gdzie wymienia się kość słoniową z tubylcami. W czasie tej podróży słyszy o człowieku imieniem Kurtz, który jest właścicielem punktu wymiennego w głębi afrykańskiej dżungli. Wszyscy zdają się bać tajemniczego człowieka. W miarę jak Marlow zbliża się do miejsca przebywania Kurtza zaczyna rozumieć, że człowiek ten oszalał.

Europejczyk kapitan Marlow wyrusza do Afryki. Wedrówkę w górę rzeki Kongo, pozwalającą poznać barbarzyństwo cywilizacji białych na Czarnym Lądzie, wieńczy spotkanie z agentem kompanii handlowej Kurtzem, przedstawicielem kultury, który w dżungli zbudował mroczne królestwo i ogłosił się bogiem. Ta podróż do piekla zbrodni, szaleństwa i rozpaczy, odsłaniająca najciemniejsze sekrety ludzkiej natury, staje się dla Marlowa pełną udręki podróżą w głąb własnej duszy.

Charles Marlow, kapitan brytyjskiego parowca, odbywa podróż do Afryki, dokąd przewozi towary. Ciekawość Marlowa budzi tajemniczy Kurtz, którego imię często słyszy wymawiane ze strachem, przerażeniem i nienawiścią. Dociera wreszcie do jego ukrytej w bujnej roślinności fortecy. Wkrótce też ma okazję spotkać się z nim oko w oko.

Adaptacja powieści Josepha Conrada "Jądro Ciemności" to historia opowiadająca o żeglarzu Marlow (Tim Roth) przepełnionym podróżniczym entuzjazmem, który na zlecenie zostaje kapitanem parowca zmierzającego do Afryki. Już na samym początku podróży słyszy, że spotka się tam z Kurtzem (John Malkovich), jednak jego imię wypowiadane często z przestrachem, pasją, podziwem powoduje, że Marlow nie może się doczekać na ich spotkanie. Gdy statek staje u brzegu Afryki okazuje się, że kolonizacja tamtych stron polega na przemocy, wykorzystywaniu czarnoskórych, niewolnictwu. Afryka jest jądrem ciemności - zła tkwiącego od wieków w człowieku. Gdy kapitan parowca spotyka się w cztery oczy z Kurtzem rozumie już, dlaczego jego osoba tak bardzo budzi strach. Mimo swego schorowanego ciała jego wzrok mówił o wiele więcej, niż słowa. Podróż Marlowa do Afryki to zagłębienie się też w jego własny umysł, jego duszę...

Pewnego dnia żeglarz Marlow postanawia udać się w podróż, w głąb belgijskiego Konga. W odległej kolonii z poszczególnych punktów handlowych chce odebrać ładunek kości słoniowej. W trakcie swojej podróży słyszy opowieść o mieszkającym w dżungli człowieku imieniem Kurtz, któremu tubylcza ludność oddaje cześć.
Historia ta oparta jest na wybitnej powieści Josepha Conrada, napisanej na podstawie doświadczeń z podróży do Konga, jaką pisarz odbył pod koniec XIX wieku.