Była amerykańska agentka Nicky Parsons (Julia Stiles) dokonuje włamania do serwerów CIA kradnąc tajne dane dotyczące nielegalnych programów agencji. Kobieta odnajduje byłego zabójcę, Jasona Bourne'a (Matt Damon) w Atenach prosząc o pomoc w rozwikłaniu zagadki nowego programu szpiegowskiego o kryptonimie Iron Hand. W zamian Nicky oferuje informacje dotyczące śmierci ojca Jasona, który był założycielem programu Treadstone. Para bohaterów stawia czoło CIA kierowanemu przez nowego dyrektora, Roberta Dewey'a (Tommy Lee Jones) oraz agentowi (Vincent Cassel), który ma do wyrównania osobiste porachunki z Bournem. Kluczem do rozwiązania zagadki programu Iron Hand może być szefowa wydziału cybernetycznego CIA, Heather Lee (Alicia Vikander).

Prawie dwie dekady temu błyskotliwy młody żołnierz zgłosił się na ochotnika do eksperymentalnego programu specjalnego, po tym gdy dowiedział się, że terroryści zabili jego ojca. Wiedział, że tylko w ten sposób będzie mógł pomścić jego śmierć. Obiecano mu, że przysłuży się w ten sposób bezpieczeństwu kraju i nabierze niezwykłych umiejętności. Tyle tylko, że wszystko było kłamstwem. Poddawany nieludzkim treningom przez ludzi, których nie umiałby dziś rozpoznać, stał się Jasonem Bournem - wartą sto milionów dolarów bronią w ludzkiej postaci. Kiedy Bourne postanowił zakończyć grę, w jaką grali jego twórcy, ci starali się go usunąć i odebrali mu jedyną kobietę, którą kiedykolwiek kochał. Udało mu się zemścić, poznał swoją prawdziwą tożsamość, odczuł pozorny spokój i postanowił zniknąć. Na zawsze. Taką w każdym razie miał nadzieję.
Ale kiedy zostaje aktywowany nowy program, tym razem opracowany jako globalny, nie taki, jaki znał Bourne z czasów działań supermocarstw, gdy był włączony w działania agenturalne, Bourne zostaje wyciągnięty z ukrycia i znajduje się w centrum czegoś, czemu jeszcze nigdy nie stawiał czoła. Globalnej sieci sterującej terrorem.
Wrogowie Bourne'a liczą na to, że kiedy dostarczą mu odpowiedniej broni, najbardziej elitarnej, jaką stworzono, ponownie stanie po ich stronie. Nie wiedzą jednak, że nawet złamani żołnierze walczą o bezpieczeństwo niewinnych ludzi.