Akcja filmu rozgrywa się w 2034 roku, dwa lata przed wydarzeniami z serialu Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd Gig. Sekcja 9 w znacznie rozszerzonym składzie (służyć w niej będzie ponad 20 nowych oficerów) będzie musiała stawić czoło nieuchwytnemu hakerowi.

Kolejna odsłona świata GITS:SAC. Połączenie serialu sensacyjnego z SF. Świat Stand Alone Complex to niedaleka przyszłość, targana konfliktami powstających na styku polityki, businessu, nowych ideologii, technologii, nowych podziałów etnicznych w końcu wszechobecnych nadużyć w cyberprzestrzeni. Twórcy naprawdę odrabiają lekcje tworząc kolejne sezony tej serii. Mamy tu do czynienia z futurologią oraz socjologią najwyższych lotów, żadnych uproszczeń, jeśli przegapisz jakiś drobiazg, nie zrozumiesz całości. (Wiedza socjologiczna bardzo pomaga w zrozumieniu zagadnień serii oraz filmu). Pierwszy sezon opowiadał o intrydze tak zawiłej że Afera Rywina wydaje się bajka dla niegrzecznych dzieci. Drugi mówi o manipulacji całym narodem w celu stworzenia ruchu społecznego z imigrantów po II wojnie wietnamskiej (III wojny światowej świata GITS) zamieszkujących Japonię. A o czym opowiada trzecia część?

Akcja serialu zaczyna się dwa lata po zakończeniu wydarzeń znanych z drugiej serii GITS:SAC. Major Kusanagi odeszła z Sekcji 9 i zniknęła. Zamiast niej dowodzi Togusa. Film zaczyna się szybką akcją antyterrorystyczną na lotnisku, która kończy się fiaskiem, terrorysta okazuje się być porucznikiem armii bliżej nieokreślonego kraju, który przybył szukać azylu politycznego. Na oczach sekcji 9 popełnia samobójstwo. Potem jak zwykle autorzy podrzucają nam tylko okruszki, które prowadzą nas jak i głównych bohaterów do rozwiązania zawiłej sprawy:

Więc co mają ze sobą wspólnego: dzieci porwane rodzicom, z wyczyszczoną pamięcią i nielegalnie wszczepionymi cybermózgami do planów terrorystycznych grupy niezadowolonych wojskowych z małego kraju na wygnaniu, którzy chcą zemścić się na Japonii i w końcu co do tego wszystkiego mają samotni majętni starcy podłączeni do olbrzymiego rządowego systemu komputerowego który podtrzymuje ich przy życiu w ich własnych domach? W końcu kim jest tajemniczy haker używający ksywki Władca Marionetek ?

Wydarzenia dzieją się dwa lata po sprawie Stand Alone Complex z udziałem 11 indywidualności. Sekcja 9 Bezpieczeństwa Publicznego wciąż działa powiększona o szereg nowych pracowników. Jednakże jej najważniejszy pracownik - major Motoko Kusaragi odeszła z agencji bez słowa i działa na własną rękę prowadząc prywatne śledztwa. Sekcja 9 pod przywództwem Togusy stara rozwikłać się sprawę Władcy Marionetek i zaginionych dzieci.