Opowiadający o tragicznych i niewyjaśnionych losach trójki turystów, "Blair Witch Project" przeszedł do historii, jako najbardziej niezwykły horror ubiegłej dekady. Ten koszmar się jeszcze nie skończył... Nadszedł czas, by powrócić do kryjących straszliwą tajemnicę lasów wokół miasteczka Burkittsville. Piątka poszukiwaczy mocnych wrażeń rusza śladem poprzedniej wyprawy. Tam już na nich czeka tajemnicza wiedźma i jej krwawe rytuały.

Grupa młodych ludzi, zachęcona filmem "Blair Witch Project", postanawia odwiedzić miejsce, w którym rozgrywała się akcja filmu. Wynajmują przewodnika, który zabiera ze sobą masę sprzętu do nagrywania. Bawią się, a następnie nocują na ruinach domu wiedźmy z Blair. Gdy się budzą dostrzegają zniszczone kamery. Nieuszkodzone zostały tylko kasety. Podejrzewają o zniszczenia grupę turystów... Okazuje się jednak, że ci zostali zabici tej samej nocy. Analizując nagrania na kasetach, dowiadują się ciekawych rzeczy... 

Na początku filmu lektor informuje nas, że oglądamy fabularyzowany dokument rekonstruujący tajemnicze wydarzenia, które doprowadziły do śmierci kilkorga miłośników filmu "Blair Witch Project". W rok po jego premierze trwa szaleństwo na punkcie Wiedźmy. Setki i tysiące fanów przyjeżdżają do małej mieściny Burkittsville, żeby zobaczyć miejsca, w których Sanchez i Myrick nakręcili w 1998 kultowy film. Mieszkańcy Burkittsville zbijają fortunę na produkcji pamiątek związanych z Blair Witch. Pięcioro bohaterów Księgi Cieni wypuszcza się na taką właśnie wyprawę. Wszyscy są fanatycznymi miłośnikami Blair Witch Project, choć każde z nich fascynuje w tej historii co innego. Cała piątka zaopatrzona w piwo, jointy oraz tony sprzętu wideo zapuszcza się w lasy Czarnych Wzgórz i rozbija biwak w nawiedzonym domu seryjnego mordercy Parra. Urządzają sobie przy ognisku balangę. I od tej pory nic już nie jest jasne. Wycieczka zmienia się w koszmar bez wyjścia. Wygląda na to, że wywołali wiedźmę z lasu.

Historia przedstawiona w "Księdze cieni: Blair Witch 2" dzieje się współcześnie w Burkittsville po wydarzeniach, które zapisane zostały w "Blair Witch Project", kiedy Heather Donahue, Joshua Leonard i Michael C. Williams wybrali się do lasu Black Hills w Maryland z zamiarem nakręcenia dokumentu o miejscowej legendzie - wiedźmie z Blair. Cała grupa przepadła bez wieści. W filmie "Blair Witch 2" czworo młodych ludzi także postanawia wyruszyć na wędrówkę po lasach Black Hills. Inspiratorem wyprawy i przewodnikiem jest Jeff Patterson, niepoprawny marzyciel z mroczną przeszłością. Założony przez nich obóz jest umieszczony niedaleko ruin domu pustelnika, Rustina Parra, który został powieszony, kiedy w jego piwnicy znalezione zostały ciała siedmiorga dzieci. Każde z nich było ofiarą rytualnego mordu i pozbawione wnętrzności. Parr przyznaje się do wszystkiego ze szczegółami, mówiąc, że zrobił to dla "ducha starej kobiety", która zamieszkuje lasy wokół jego domu. Rankiem, po nocy spędzonej w Black Hills, obozowicze budzą się i żadne z nich nie pamięta, kiedy zasnęli, ani co działo się w ciągu minionych pięciu godzin. Wracają do Burkittsville, by w domu swojego przewodnika, porzuconym niszczejącym magazynie na obrzeżach miasta, wspólnie zastanowić się nad tym co naprawdę zaszło. Ich powrót nie oznacza jednak kresu dziwnych i tajemniczych wydarzeń. Legenda i rzeczywistość zaczynają się magicznie splatać. Dziwne symbole pojawiają się na ich ciałach, wokół słychać żałosny płacz małych dzieci, nierealne wizje jawią się przed ich oczami. Nikt z piątki podróżników nie potrafi oddzielić rzeczywistości od fikcji. Wszyscy znajdują się na skraju załamania nerwowego, zaczynają się wzajemnie podejrzewać i obrzucać oskarżeniami. Zbyt późno zdają sobie sprawę, że kiedy opuścili Black Hills, nie byli sami...

Po premierze "Blair Witch Project" powstaje coś na kształt zbiorowej histerii. Do miasteczka, w którego okolicach kręcono pierwszą część filmu, zjeżdżają tłumy turystów by poczuć "ten" klimat. Z jednej strony jest to dobrze, gdyż napełnia to kasę małego miasteczka, z drugiej zaś jest problemem dla władz. Wśród turystów poszukujących "prawdy" o wiedźmie Blair jest grupa pięciu znajomych. Wyruszają śladami bohaterów filmu. Obóz postanawiają rozbić na ruinach starego domu. Wieczorem przy ognisku rozpoczyna się impreza. Alkohol, narkotyki i poranny kac... Turystą wydaje się, że nic szczególnego nie wydarzyło się poprzedniej nocy. Zwróciło ich uwagę tylko porozrzucane wszędzie kawałki książki jednego z uczestników wyprawy i nagranie wideo. W dość niezwykłych okolicznościach odkrywają całą prawdę nie tylko o tamtej pamiętnej nocy, ale również o samych sobie.

Grupka młodych ludzi jedzie do Burkitsville, by zrekonstruować makabryczne wypadki, które zdarzyły się tam w 1999 roku. Jednak granica między tym, co zmyślone, a tym, co rzeczywiste, coraz bardziej się zaciera. W końcu sytuacja całkowicie wymyka się spod kontroli. Czy bohaterowie "Księgi cieni" zabijają wskutek diabelskich podszeptów wiedźmy, czy też w wyniku zbiorowego szaleństwa rozpętanego przez media wokół "The Blair Witch Project"?

Pięcioro bohaterów "Księgi cieni: Blair Witch 2" jest głęboko zafascynowanych filmem "The Blair Witch Project", czyli pierwszą częścią Księgi Cieni. Wędrują oni niebezpieczną drogą, aby dotrzeć w ciemne i groźne miejsce, gdzie granica pomiędzy prawdą a fikcją zaciera się, by zniknąć zupełnie. Wpadają w wir straszliwego zła, którego przyczyny - ludzkie lub nadprzyrodzone - pozostają nieodgadnione i wywołują prawdziwy dreszcz grozy...

"Księga cieni: The Blair Witch 2" opowiada o ludziach, którzy mają obsesję na punkcie filmu "The Blair Witch Project". Obsesja ta prowadzi ich w sam środek lasów wokół Burkittsville, kryjących straszliwą tajemnicę, w sam środek horroru i śmierci. Ale "Księga cieni" to nie tylko opowieść o wiedźmie i jej krwawych rytuałach. To także opowieść o zbiorowej iluzji, powszechnym i fatalnym zauroczeniu mediami i kulturą masową, które mogą być tak samo groźne jak Blair Witch. I w tym tkwi jeszcze większa groza tego filmu.

Jeff, chłopak z Burkittsville, ma całkowitego fioła na punkcie filmu "The Blair Witch Project". Potrafił go nawet przekształcić w biznes - organizuje wycieczki po Czarnych Wzgórzach, gdzie straszy Blair Witch. Namówił on czterech młodych ludzi, aby wzięli w niej udział. Klienci Jeffa są również opętani myślą o Blair Witch. Erica jest praktykującą wikanką, czyli współczesną czarownicą. Studenci i badacze folkloru Tristen i jej chłopak Stephen piszą książkę o Blair Witch, ale mają zupełnie odmienne zdania na temat podłoża tej historii. Tristen uważa, że musi w niej tkwić ziarno prawdy, natomiast Stephen twierdzi, że jest to kliniczny przypadek zbiorowej iluzji. Piątą w grupie jest Kim, wielka fanka gotyku, która ma silne zdolności paranormalne. Pięcioro bohaterów spędza dziwną noc na jednym z bardziej złowrogich miejsc należących do Blair Witch. Kiedy budzą się rano, przed ich oczami rozgrywa się scena zniszczenia, a oni sami nie pamiętają, aby w ogóle kładli się spać. Postanawiają więc wrócić do mieszkania Jeffa w opuszczonym magazynie, aby przedyskutować to, co się stało. Ale kiedy Jeff otwiera metalowe drzwi przy akompaniamencie szczekających psów, staje się jasne, że wkraczają oni do miejsca, które wcale nie jest bardziej bezpieczne niż las, który właśnie opuścili. Wewnątrz legenda zmienia się w rzeczywistość, a pięcioro młodych ludzi dostaje się w potrzask koszmaru. Nie mogą z niego uciec, tak jak nie mogą uciec swoim własnym opętanym umysłom. Zbyt późno uświadamiają sobie, że kiedy wyszli z lasu, wcale nie byli sami.

Zafascynowany kontrowersyjnie realistycznym filmem "Blair Witch Project" Jeffrey - były pacjent kliniki psychiatrycznej - organizuje wyprawę do Burkittsville, by odnaleźć miejsce powstania obrazu. Towarzyszą mu czterej fani filmu: podająca się za realną czarownicę Erica, ekscentryczna gotka Kim oraz Stephen, autor książki poświęconej wiedźmie z Blair, wraz ze swoją ciężarną narzeczoną Tristen. Śmiałkowie spędzają noc przy ruinach domu Rustina Parra. Nazajutrz okazuje się, że ich rzeczy są zniszczone, a oni sami nie pamiętają wydarzeń z ubiegłego wieczoru. Z dnia na dzień sytuacja staje się coraz bardziej obłędna...