Joachim (Andrzej Seweryn) to dojrzały mężczyzna, który już nic nikomu nie musi udowadniać. Jest zamożny, a jego życie było pasmem sukcesów. Kaprys losu stawia na jego drodze trzydziestoletniego Davida (Jan Marczewski), geniusza matematycznego, który porzuca obiecującą karierę biznesową za granicą i szuka właściwego pola dla swoich talentów w Polsce. Sprawy komplikują się, kiedy w życie Davida wkracza Ola (Julia Latosińska). Joachim i David to dwaj mężczyźni na zupełnie innych etapach życia. Czego każdy z nich może nauczyć się od drugiego? Jak wybrać pomiędzy intelektem, wiarą i miłością?

Głównym bohaterem "Liczby doskonałej" jest młody matematyk Dawid (Jan Marczewski), który podporządkował całe życie badaniom nad liczbami pierwszymi. Poznanie dalekiego kuzyna, Joachima (w tej roli Andrzej Seweryn), sprawia, że mężczyzna zaczyna stopniowo przewartościowywać swoje priorytety. Joachim jest człowiekiem sukcesu, który zawodowo osiągnął praktycznie wszystko i ostatnie lata życia postanowił spędzić w ojczystej Polsce. To spotkanie będzie miało na nich ogromny wpływ i sprowokuje długą dyskusję nad nieodgadnionym porządkiem świata, sensem życia i jego przemijania.

Zanussi powrócił do swoich wiodących wątków filmowych, tym razem sięgając po thriller psychologiczny. Przecinają się drogi życiowe dwóch osób na całkiem różnych etapach życia. David jest młodym matematykiem, geniuszem pochłoniętym pracą naukową, który porzucił karierę w biznesie. Joachim jest już bliżej kresu życia, bogaty i cyniczny, cudem uniknął śmierci w zamachu w Izraelu. Ich spotkanie wywołuje pytania o sens życia, przemijanie, intelekt, miłość, porządek świata, rolę przypadku czy wreszcie istnienie bądź nieistnienie Boga. Sytuację komplikuje pojawienie się w życiu Davida Oli.