Historia zaczyna się w 1937 roku. Niemiec Habermann (Mark Waschke) jest właścicielem tartaku w małej wiosce w pobliżu granicy z Czechosłowacją. Jest bogaty i budzi szacunek wśród ludzi. Ma młodą żonę Janę (Hannah Herzsprung) i córkę. Ich spokojne życie zostaje zakłócone w 1938 roku, kiedy do regionu wkraczają naziści pod dowództwem oficera SS Majora Koslowskiego (Ben Becker). Major toleruje Habermana ze względu na jego pochodzenie, ale mniej przychylnie patrzy na to, że ten zatrudnia w swoim tartaku wyłącznie Czechów.

W "Młynie Habermanna" tłem historycznym jest dramatyczne wypędzenie Niemców z pogranicza. Juraj Herz przedstawia drażliwy wątek współczesnych dziejów narodu czeskiego, jego inspiracją były autentyczne losy niemieckiego przedsiębiorcy Augusta Habermanna. Bogaty właściciel młyna i tartaku żył wraz z rodziną na północnych Morawach, dając pracę zarówno Czechom, jak i Niemcom. Powstały w koprodukcji czesko-niemiecko-austriackiej film stara się uniknąć tworzenia czarno-białego obrazu czasów, które postawiły jego protagonistów przed niełatwą próbą charakterów.