Reżyser filmu odwiedza rodzinne strony ojca w północnej Grecji. Stamtąd dziewięcioletni Mito Aleksowski został wywieziony podczas wojny domowej wraz z innymi dziećmi macedońskimi do Polski. Grecy nigdy nie pozwolili wrócić im do ojczyzny. Bohater filmu, mieszkający od lat w Gdańsku, docenia to, co zrobiono dla niego w Polsce. Nie może się jednak pogodzić z krzywdą, jaką wyrządzili mu Grecy, rozdzielając go na zawsze z ukochaną mamą. W jego sercu wciąż żywe są: tęsknota, żal i uczucie upokorzenia. Do dziś bohater filmu nie posiada żadnego obywatelstwa i czuje się obcy wszędzie.

"Macedończyk" opowiada historię dzieci macedońskich wywiezionych z Grecji w 1948 i przejętych przez Polskę. Dzieci zostały osiedlone w domach dziecka na terenie Dolnego Śląska. Historia opowiedziana jest poprzez stworzony filmowy portret jednego z uchodźców, 9-letniego wówczas chłopca. Oś filmu stanowi współczesna podróż autora - syna bohatera filmu - do Grecji w poszukiwaniu miejsca narodzin ojca. O życiu w domu dziecka w Lądku Zdrój opowiada bohater filmu i jego wychowawcy.

W latach 1948-1950 podczas wojny domowej w Grecji wywieziono z terenów greckiej Macedonii do krajów demokracji ludowej około 28 tysięcy dzieci, w tym 15 tysięcy narodowości macedońskiej. Oficjalnie dzieci miały być wywiezione tylko na czas trwania wojny. Po wojnie domowej w Grecji wprowadzono ustawy zakazujące powrotu do domu wywiezionych dzieci. Polska przyjęła 3500 dzieci, w tym 1750 narodowości macedońskiej.