Historia rozpoczyna się w siedzibie Marynarki Wojennej, gdzie Wiceadmirał Garp i Admirał Floty Sengoku obserwują latający okręt Shiki'ego Złotego Lwa szybujący nad ich głowami. W tym czasie załoga Słomianego Kapelusza zawiesza swoją podróż po Grand Line, żeby wrócić na rodzime morza East Blue, które jest zagrożone przez nieznaną siłę. W pierwszej kolejności pojawia się Luffy walczący z potworami na latającej wyspie. W retrospekcji dowiadujemy się, że cała załoga została rozdzielona po spotkaniu z Shiki'm, a Nami została uprowadzona przez Złotego Lwa ze względu na jej zdolności nawigatora i kartografa. Załoga rusza jej na ratunek i Luffy w decydującej walce będzie musiał pokonać Shiki'ego.