Może dlatego, że było kilka łapaczy pokemonów na pikachu. A Ash złapał tylko jednego łapacza. Inne szybciej mogły sklonować wtedy pikachu. Taka jest moja teoria.

Gdy Ash wszedł do maszyny widać było że jedna z macek tak jakby podpięła się już do pokeball'a i według mnie zdążyła już pobrać DNA :)

Dokładnie tak. Pikachu został sklonowany, bo maszyna pobrała jego DNA i sklonowała go zanim Ash ją rozwalił.