Zimą 2011 roku po kontrowersyjnym przebiegu wyborów w Rosji Władimir Putin został ponownie wybrany na prezydenta kraju. W odpowiedzi na to setki tysięcy Rosjan wyszło na ulice, aby podać w wątpliwość legalność wyborów, a tym samym legitymację Putina do rządów. Wśród protestujących były trzy młode radykalne feministki: Nadieżda Tołokonnikowa, Maria Alochina i Jekatierina Samucewicz, współzałożycielki zespołu punkowego Pussy Riot.

W kolorowych kominiarkach na głowach, pończochach i letnich sukienkach weszły do słynnego soboru Zbawiciela w Moskwie i zaczęły satyryczny performance, śpiewając pieśń "Bogurodzico, przegoń Putina". Po 40 sekundach zostały aresztowane, wytoczono im pokazowy proces, oskarżono o "chuligaństwo motywowane nienawiścią religijną" i skazano na dwa lata więzienia w łagrach.

"Pussy Riot. Modlitwa punka" jest kroniką tego "małego" aktu protestu, który zdobył rozgłos na całym świecie i stał się symbolem walki z opresyjnym reżimem. Nadając tej antyputinowskiej rebelii ludzką twarz, film pokazuje historię trzech młodych kobiet, które – zdumione reakcją władzy – za kratami więzienia pozostają gotowe bronić swoich racji. Ich osobista odwaga, poświęcenie własnym przekonaniom i świadomość polityczna wywarły wpływ na aktualną sytuację polityczną w Rosji i pokazały, że sztuka może stać się doskonałym narzędziem protestu.