Filmowi patronuje słynny badacz oceanów Jean-Michel Cousteau oraz Program Narodów Zjednoczonych ds. Ochrony Środowiska (UNEP).
Według szacunków ONZ rocznie poławia się 100 milionów rekinów i ryb rekinowatych. W wyniku tego w ciągu ostatnich 10 lat liczba osobników niektórych gatunków spadła nawet o 80%. W tym samym czasie na 100 odnotowywanych rocznie na świecie ataków rekinów, tylko 12 kończy się śmiertelnie. Celem filmu Rekiny 3D jest między innymi zmienienie wizerunku tych stworzeń.
W czasie kręcenia sceny z żarłaczami jedwabistymi producent filmu postanowił wskoczyć do wody jedynie w masce do nurkowania, aby poobserwować te stworzenia. Błyskawicznie otoczyło go około 10–15 żarłaczy i zaczęło uderzać w bok, kiedy próbował wydostać się na łódź. Pomyliły go z ranną zwierzyną i sprawdzały, czy zdobycz jest już gotowa... Na szczęście producentowi udało się bezpiecznie wrócić na pokład.