Kiedy Sonic, Tails oraz Knockles pokonali Robotnika i jego Badnika, a Szmaragd Chaosu został zniszczony, złowieszczy doktor powraca z zamiarem zemsty. Tym razem jednak złowrogi najeźdźca ma zamiar zdobyć mini-szmaragdy, aby stworzyć metalową wersję Sonica oraz Shadowa. Za sprawą wielowymiarowego portalu, Amy oraz Big zdają się współpracować z Robotnikiem chcąc zniszczyć planetę. Drużyna Sonica ponownie musi stawić czoła złu, zanim świat zostanie zrównany z ziemią.