Gdy niebo zmienia kolor na czerwony, a ziemia drży, Japonia staje na krawędzi katastrofy. Ale jedna zdeterminowana nastolatka, Suzume, wyrusza w misję, aby ocalić swój kraj. Potrafi dostrzec nadprzyrodzone siły, których inni nie widzą, więc to od niej zależy, czy uda się jej zamknąć tajemnicze drzwi siejące chaos w całym kraju. Suzume czeka niebezpieczna podróż, podczas której los kraju spoczywa na jej barkach.

"Suzume" to opowieść o dojrzewaniu 17-letniej głównej bohaterki. Animacja rozgrywa się w różnych dotkniętych katastrofą miejscach w całej Japonii.

Podróż Suzume rozpoczyna się w spokojnym miasteczku w Kyushu (południowo-zachodnia Japonia), kiedy spotyka chłopaka, który szuka tajemniczych drzwi. Suzume znajduje je zniszczone pośród ruin, jakby były osłonięte przed jakąkolwiek katastrofą. Suzume zdaje się być przyciągana przez ich moc i sięga aby je otworzyć... Drzwi zaczynają otwierać kolejne drzwi w całej Japonii, siejąc zniszczenie. Suzume musi zamknąć te portale, aby zapobiec dalszej katastrofie.