Podczas II wojny światowej, Anatolij, w nadziei na uratowanie własnego życia, zabija na rozkaz Niemców swojego przełożonego, szypra Tichona. Hitlerowcy wysadzają w powietrze barkę, a marynarza-mordercę ratują mnisi z maleńkiego klasztoru na wyspie?

Jest 1976 rok. Anatolij pracuje w kotłowni monastyru. Całymi dniami wozi węgiel. Jego mieszkanie to szopa w której stoi piec, a łóżko to sterta węgla. Współbraci mnichów zbija z tropu jego dziwność.To on nie wiadomo po co wrzuca do pieca cudze buty, to on gromko krzyczy, nie oddaje należytej czci ihumenowi? Jednak w każdym takim dzikim zachowaniu jest zamysł, jest to sposób zwrócenia uwagi ludzi na ważne rzeczy. Na wyspę z daleka przyjeżdżają ludzie, wierząc że Anatolij może udzielić im mądrej odpowiedzi, uleczyć choroby i wygnać smutki. On nikomu nie odmawia pomocy, ale wewnątrz cierpi, ciąży mu świadomość ciężaru grzechu, dokonanego wtedy na barce. Modli się o wybaczenie do zabitego towarzysza. Ale jak uznać, że wybaczył jeśli nie ma żadnej odpowiedzi.

Druga Wojna Światowa. Barka, na której Anatolij i jego starszy towarzysz Tichon przewożą węgiel, zostaje schwytana przez niemiecki statek patrolowy. Anatolij błagając Niemców o litość, w akcie desperacji zabija swojego kapitana. Niemcy zostawiają zdrajcę na statku, ale dzięki pomocy mnichów z pobliskiej wyspy, Anatolijowi udaje się przeżyć...Lata mijają. Anatolij jest szanowany na wyspie za pomoc, którą okazuje odwiedzającym. Jednak, okropny czyn, którego się dopuścił w czasie wojny, nie daje mu spokoju. Nie spodziewa się, że pod koniec życia, zostanie mu on wybaczony.

Powiadają, że na małej wyspie na jeziorze mieszka pewien starzec, który pomaga ludziom i widzi przyszłość – przyjeżdżają do niego po radę i uzdrowienie z najdalszych zakątków Rosji. Żyje wśród mnichów, w jeszcze większej niż oni ascezie. Mówi im o ich grzechach. Ponoć to sam Bóg przez niego przemawia. A może to tylko szalony starzec, obłąkany pragnieniem odkupienia własnych win z przeszłości? Bo kiedyś ojciec Anatolij, wówczas jeszcze młody marynarz, popełnił grzech najcięższy.

Gdzieś na północy Rosji w niewielkim prawosławnym klasztorze mieszka wyjątkowo nietuzinkowy człowiek. Jego dziwaczne zachowanie dezorientuje i wprawia w zakłopotanie jego braci mnichów. Ci, którzy odwiedzają wyspę, wierzą, że posiada on moc uzdrawiania, odpędzania demonów i przepowiadania przyszłości. On sam jednak uważa się za człowieka niegodnego szacunku z powodu grzechu, który popełnił w młodości. Film jest przypowieścią, która łączy realia życia codziennego w Rosji z rytuałem zakonnym i porządkiem zajęć w klasztorze.

Rok 1942, II wojna światowa. Niemiecka marynarka zajmuje radziecki holownik na Morzu Białym. Młody, przerażony marynarz zdradza przyjaciela i zabija go na żądanie wroga. Myśli, że w ten sposób uratował własne życie, ale niespodziewany wybuch zatapia statek.
Rok 1976. W małym klasztorze ukrytym na wyspie na Morzu Białym zbierają się rozbitkowie katastrofy morskiej. Czekają na pomoc Anatolia - starego mnicha, który znany jest jako uzdrowiciel i prorok. On sam uważa się jednak za wielkiego grzesznika. Jaki jest związek między historią młodego marynarza i tajemniczym mnichem?

Akcja filmu "Wyspa" rozpoczyna się podczas II wojny światowa. Barkę, na której Anatolij i jego starszy towarzysz Tichon przewożą węgiel, zostaje przejęta przez niemiecki statek patrolowy. Błagając Niemców o litość, Anatolij dopuszcza się zdrady - strzela do Tichona. Niemcy zostawiają tchórza na zaminowanej barce. Mężczyźnie udaje się jednak przeżyć dzięki pomocy mieszkających w mieszczącym się na wyspie klasztorze mnichom. Lata mijają. Starszy Anatolij jest czczony za prawe życie i okazywaną ludziom pomoc. Jednak straszliwy grzech morderstwa, popełniony przez niego podczas wojny, nie daje mu spokoju.