Aeon Flux jest najlepszym monikańskim agentem, nieustannie infiltrującym poczynania Trevora Goodchilda. W każdym odcinku Aeon musi mierzyć się nie tylko z nowymi zabezpieczeniami wymyślanymi przez Trevora, ale także z rzeczywistością, której struktura często naruszana jest przez jego eksperymenty. Musi nieraz odrzucać moralność i dokonywać trudnych wyborów, by wypełnić należycie swoje misje, jak również walczyć z chorym uczuciem, jakie tworzy się między nią a Trevorem i nie ufać nikomu poza sobą.