Na Times Square zostaje znaleziona naga kobieta, cierpiąca na amnezję, z ciałem pokrytym zagadkowymi tatuażami. Kim jest Jane Doe? Kto ją tak naznaczył? I co ją łączy z agentem FBI Kurtem Wellerem, którego imię znalazło się pośród tatuaży? W miarę jak Weller i jego zespół odszyfrowują tajemnicę, wkraczają w świat śmiertelnie niebezpiecznych intryg i konspiracji.

Sezon 2:

Gdy Jane wymyka się z rąk CIA, zostaje ponownie schwytana przez ekipę FBI pod dowództwem Wellera, który przekonuje dziewczynę, aby wcieliła się w rolę potrójnego szpiega. Tymczasem Nas Kamal – tajemnicza agentka NSA – dołącza do zespołu Wellera, aby pomóc im w zlikwidowaniu Sandstorm. Mnożące się wybuchowe wątki sprawiają, że rozwiązanie zagadki staje się ważniejsze niż kiedykolwiek. Czy zespołowi uda się rozszyfrować mapę pokrywającą ciało Jane?