Fabuła bajki przedstawia życie i codzienne ważkie problemy różnorakich zwierzątek zamieszkujących trzy odmienne środowiska - farmę, miasteczko i okolice stawu. Tytułowymi braćmi są Franio i Benio. W każdym odcinku pomagają oni jednemu ze zwierzątek o swojsko brzmiących imionach: wombatowi Jasiowi, manguście Mysi, żółwiowi Grzesiowi, kolczatce Szymkowi, kangurzycy Zosi, dziobakowi Ali, strusiowi emu Lorze, pingwinowi Pati lub krokodylowi Arkowi. Odcinek rozpoczyna się lotem braci ponad ziemią i obserwacją wszystkich jej mieszkańców. W tym czasie narrator przedstawia wszystkich i zastanawia się, komu dzisiaj pomogą Franio i Benio.

Bracia Koala to seria animowana dla dzieci, opowiadająca o niezwykłych przygodach dwóch przesympatycznych bohaterów. Franio i Benio, bo o nich mowa, wylatują codziennie swoim samolotem na patrol pobliskiej farmy, miasteczka i okolic stawu, gdzie mieszkają ich przyjaciele. Zawsze znajdą kogoś, kto potrzebuje pomocy. Czasami listonosz Grześ czy sklepikarz Szymek, innym razem krokodyl Arek lub pingwin Pati. Wszyscy mogą na nich liczyć, bo ich misją życiową jest niesienie pomocy innym.