Licealista Shiro Emiya pewnego dnia jest świadkiem pojedynku dwóch wojowników, którzy służąc swym panom - magom, biorą udział w poszukiwaniu Świętego Graala. Chłopak zostaje nagle zaatakowany, jednak z opresji ratuje go piękna, złotowłosa dziewczyna w lśniącej zbroi. Okazuje się, że bohater bezwiednie ją przywołał i sam jest jednym z magów...

Podczas czwartej wojny Świętego Graala doszło do wielkiego pożaru, który zniszczył większą cześć miasta. Emiya Shiro jako jedyny ocalały był wychowany przez przybranego ojca Kiritsugu Emiyę (maga). Mija dziesięć lat rozpoczyna się kolejna wojna. Siedmiu magów wraz ze swoimi sługami toczą między sobą mordercze walki by zdobyć Świętego Graala i spełnić swoje życzenie. Shiro zostając po godzinach w szkole jest świadkiem walki dwóch sług. Zgodnie z regułami wojny nie może być żadnych świadków więc musi zginąć. Uciekając przed sługą włócznikiem zostaje mocno ranny, ale ratuje go sługa Saber, którego sam przyzwał...