Tokio, rok 1969. Obcy atakują Ziemię, ale jej mieszkańcy na szczęście o tym nie wiedzą. Tajemnicza organizacja o nazwie A.E.G.I.S. chce powstrzymać inwazję z kosmosu. Pewnego dnia idący do szkoły Shun Ukiya jest świadkiem starcia młodej dziewczyny z grupą najeźdźców. Przychodzi jej z pomocą i ku swojemu zdumieniu odkrywa, że podobnie jak nieznajoma, potrafi tworzyć „bramę” specjalnej energii. W rezultacie zostaje zwerbowany do A.E.G.I.S. i w szeregach Gate Keeperów staje do walki z obcymi.