"IS" jest skrótem od słowa "interseksualizm" i odnosi się do ludzi, których nie można zakwalifikować do jednej płci, gdyż posiadają biologiczne cechy zarówno kobiety, jak i mężczyzny.
Główną postacią serialu jest Hoshino Haru (Saki Fukuda), hermafrodyta, którego przez całe życie wychowywano jako chłopca. Haru marzy o dostaniu się do szkoły gastronomicznej, ale ponieważ w rejestrze rodzinnym figuruje jako kobieta, zostaje zmuszony do tego, aby udawać w liceum uczennicę.
W szkole poznaje Aihare Miwako (Ayame Gouriki), z którą szybko się zaprzyjaźnia, oraz Ibuki Kenji'ego (Masahiro Inoue), zawodnika szkolnej drużyny piłki nożnej. Życie Haru wywraca się do góry nogami, po tym, jak jego ciało zaczyna dojrzewać w kobiecy sposób, a on sam zaczyna darzyć Kenji'ego uczuciem. Ponadto szybko okazuje się, że jego przyjaciółka, Miwako, również skrywa pewną tajemnicę.