Serial opowiada o niezwykłych przygodach sześciu przyjaciółek: Bloom, Musy, Tecny, Stelli, Flory i Layli. Cała paczka uczęszcza do szkoły dla czarodziejek Alfea w magicznym świecie Magix, zgłębiając tajemnice czarów. Dziewczyny, wraz z pomocą wielu przyjaciół, w tym chłopców ze szkoły Czerwonej Fontanny: Skya, Brandona, Timmy'ego, Rivena i Helii, muszą stawić czoła potężnym i złym czarownicom z Chmurnej Wieży, które chcą opanować fantastyczną krainę.

Bloom, Stella, Flora, Musa i Tecna uczęszczają do magicznej szkoły Alfea. Dziewczyny muszą ukończyć szkołę i nauczyć się jak najlepiej posługiwać się swoimi mocami. Oczywiście jak każde dziewczyny w ich wieku mają rónież wiele swoich własnych zmartwień. Poza tym muszą nieustannie walczyć ze złymi Trix-uczennicami szkoły czarownic-które chcą opanować całe Mgix-czli cały magiczny świat...

Sezon trzeci:
Wraz z rozpoczęciem kolejnego roku szkolnego w magicznym college'u Alfea, zaczynają się kolejne przygody czarodziejek WINX, jeszcze bardziej niezwykłe i tajemnicze!

Dziewczyny Winx muszą zaprezentować swoje niesamowite umiejętności, by zaliczyć egzamin końcowy, dzięki któremu staną się pełnoprawnymi czarodziejkami. To zapewni im zupełnie nowy, rewelacyjny wygląd, możliwość dokonywania kolejnych, ekscytujących transformacji a także zwiększy ilość ich magicznych mocy. Błyszczące skrzydełka dziewczyn będą rozpraszać wokół siebie magiczny pył, który swoją mocą potrafi cofać złe czary.

Niestety Valtor, tajemniczy i nieprzyjemny czarownik, właśnie uwolniony z więzienia, ma zamiar posiąść magiczne moce ze wszystkich planet. Stanowi on także wielkie zagrożenie dla Winx, a zwłaszcza dla Bloom, z którą wiąże tajemnicze plany.

W czasie licznych przygód dziewczyny odkryją, że posiadły dar zmniejszania się, co pozwoli im podróżować w równoległych wymiarach, do których normalnie nie miałyby dostępu. Obok czarodziejek Winx w 3 serii pojawią się m.in. magiczne zwierzęta, a także Syreny z ojczystej planety Layli, Andros, które będą pomagać dziewczynom w ich ekscytujących eskapadach.

Sezon czwarty:

Wróżki Bloom, Stella, Muza, Tecna i Flora rozpoczynają karierę w College'u Alfea jako nauczycielki. Już na początku pojawiają się kłopoty.

Wróżka Bloom zostaje porwana przez tajemniczych mężczyzn, a pozostałe wróżki mają zbyt małą moc, aby z nimi walczyć. Porywacze okazują się czarodziejami, którzy porwali niewłaściwą wróżkę. Niespodziewanie Bloom wraca, a Winx mają za zadanie odnaleźć tę, której teraz grozi niebezpieczeństwo...