Pierwszy odcinek serii zaczyna się tajemniczym samobójstwem uczennicy, Chisa'y Yomoda. Chisa-chan chodziła do klasy z Lain Iwakurą, cichą, nieśmiała 14-latką. Wkrótce koleżanki z klasy zaczynają otrzymywać e-maile od Chisa'y. W wiadomości wyjaśnia ona, że porzuciła swe ciało, ale cały czas żyje w 'wired' (sieci)...
Gdy Lain dostaje nowy model 'Navi' wraz z obwodem 'Psyche', zaczyna spędzać coraz więcej czasu w 'wired', poszukując śladów Chisa'y. W dodatku wydaje się, że Lain ma przynajmniej 2 osobowości, a pierwsza z nich cały czas ewaluuje. Seria składa się z 13 odcinków.

Lain Iwakura - zawsze cicha i spokojna 14-latka, która stara się nie zwracać na siebie uwagi. W szkole dowiaduje się, że rówieśniczka z równoległej klasy popełniła niedawno samobójstwo, a teraz mimo, że nie żyje wysyła ludziom przez sieć e-maile. Gdy Lain wraca do domu i odpala swój komputer, otwiera e-mail na którego końcu znajduje się stwierdzenie - "Here Is a God" (Tu jest Bóg). Lain postanawia odkryć o co w tym wszystkim tak naprawdę chodzi.

Serial Experiments Lain jest kultową serią anime w dziedzinie Sci-Fi.

Młoda, bardzo spokojna dziewczyna imieniem Lain dostaje wiadomość elektroniczną od zmarłej koleżanki ze szkoły, która twierdzi, że wciąż żyje, a w wirtualnym świecie znajduje się bóg. Lain zainteresowana wydarzeniami ostatnich dni postanawia wejść do sieci i odnaleźć odpowiedzi na dręczące ją pytania.