Niewielkie amerykańskie miasteczko, położone nad tajemniczą Strefą 51, kolejny raz staje się areną zmagań z obcą cywilizacją. Rząd Stanów Zjednoczonych podejmuje desperackie próby utrzymania w tajemnicy bazy i jej pozaziemskiej zawartości. Gdy wszystkie środki zawodzą do akcji wkracza grupa uderzeniowa pod dowództwem Aeran'a Pierce, zahartowanego w ogniu walki byłego żołnierza Sił Specjalnych. Przyszłość Ameryki spoczywa na barkach bohatera i jego oddziału. Wspólnie muszą stawić czoła hordom wrogo nastawionych obcych form życia, siejących spustoszenie w okolicach bazy. Czy przerażające sekrety Strefy 51 ujrzą wreszcie światło dzienne?

"BlackSite: Area 51" po raz kolejny wrzuca gracza w sam środek kosmicznej afery. UFO z jakiegoś powodu postanowiło nawiedzić Ziemię i przy okazji wymordować wszystkich jej mieszkańców. Ostatnią nadzieją na przyszłość ludzkości jest gracz oraz skromna grupa żołnierzy wyposażonych w najnowocześniejszy sprzęt wojskowy. Do naszej dyspozycji oddanych zostanie wiele ciekawych giwer, które wypróbujemy na sporym wachlarzu dziwolągów. Fabuła poprowadzi nas przez interesujące i rozbudowane misje rozgrywające się w kilku rodzajach scenerii.