Akcja gry przenosi nas do fikcyjnego małego państewka tropikalnego Palinero. Po udanym zamachu stanu na rodzinę królewską, w kraju szybko rozpętana zostaje nowa wojna domowa. Niezadowoleni z krótkich, lecz brutalnych poczynań nowego rządu, co bardziej odważni mieszkańcy łapią za broń i wzniecają nową rebelię, tworząc opozycyjne stronnictwo. Trudna sytuacja w Palinero sprzyja korupcji, jawnej przestępczości, a także szukającym zarobku... najemnikom. Świetnie wyszkolonych ludzi potrzebuje bowiem każda frakcja: zarówno strona rządowa, rebelianci, jak i bandyci. Szereg tajnych misji wykonanych dzięki pomocy płatnych specjalistów może przyczynić się do wygrania konfliktu.

"Brygada E5: New Jagged Union" to gra taktyczna, która rzuca gracza w sam środek wojny domowej na małej, tropikalnej wyspie Palinero. Jego misją będzie zatrudnienie drużyny najemników i przejęcie kontroli nad państwem, który balansuje na granicy katastrofy. Brygada E5 pozwala graczowi na obserwowanie akcji z trzech różnych perspektyw (w zależności od wyboru strony konfliktu) lub działanie poza jakimikolwiek ramami politycznymi i realizowanie tylko i wyłącznie własnych ambicji. Całość rozgrywki oparta jest o innowacyjny system walki, zwany SPM (tryb inteligentnej pauzy), który łączy w sobie najlepsze elementy rozgrywki turowej i RTS.