Przez eony Krotoplaści przemierzali galaktykę, formując i przemieniając życie według własnego uznania. W swym zadufaniu stworzyli jednak coś, czego nie byli w stanie kontrolować - "Darkspore". Teraz galaktyka jest zagrożona.

Dzięki potędze E-DNA, "Darkspore" przemienia populacje całych planet w hordy mutantów. Ma tylko jeden cel… zdominować wszelkie życie we wszechświecie. Jesteś uchodźcą, ukrywającym się od tysiąca lat. Twoją misją jest odtworzenie puli genów bohaterów. I poprowadzenie ich do bitwy przeciwko "Darkspore".