Akcja "Deus Ex: The Fall" dzieje się w 2027 roku. Nadeszła złota era dla nauki i technologii poświęconej ludzkich ulepszeniom. To także era wielkich podziałów społecznych i globalnych konspiracji. Potężne korporacje przejęły władzę nad rządami i sprawują kontrolę nad zasobami narkotyku potrzebnego ulepszonym ludziom do przetrwania. W tym chaosie Ben Saxon, były najemnik brytyjskich oddziałów specjalnych SAS, także mający mechaniczne modyfikacje, desperacko poszukuje prawdy kryjącej się za tym spiskiem. Został zdradzony przez własnych pracodawców, grupę paramilitarną Tyrants i teraz nie tylko jego życie jest zagrożone, ale także życie wszystkich osób mających ulepszenia. Czasu jednak jest coraz mniej.