Też się nad tym zastanawiam, ale spróbuje zinterpretować jak wyglądałby los klona nr 3 (tego niebieskiego co był na górze) w taki sposób żeby miało to sens.

Wydaje mi się, że trzeci klon po (przypadkowym) trafieniu w Mewę również nie przeżył upadku (i to z takiej dużej wysokości), chyba że jakimś cudem jednak przeżył, (podobnie jak Mewa przeżył strzał kulką w łeb w Chaos on Deponia) ale gra tego nie wyjaśnia w żaden (no chyba, że w Doomsday) sensowny sposób. W zasadzie ciężko mi to wytłumaczyć sensownie, uwierz mi.

Z kolei mnie trapi problem związany z różnicą wyglądu Argusa w wcześniejszym etapie tej części i w tym późniejszym, ale napiszę o tym dopiero we własnym temacie, który założę jutro, wtedy będziecie wiedzieć o co mi kaman.

1) Jeden klon, tak jak to napisałaś, ginie od strzału laserem. Jego śmierć jest jawna i bezdyskusyjna (została przedstawiona w grze).
2) Drugi klon (ten, o który właściwie pytasz) ginie gdy ratuje Goal przed upadkiem z promu Organonu. Chodzi o ten moment gdy Bailiff rozkazuje Oppenbotowi zepchnąć z promu Goal, a następnie Rufus rzuca się na Oppenbota i spadają razem. Goal później pojawia się bazie powstańców, i wyjaśnia, że drugi Rufus manewrując Oppenbotem zdołał ją uratować, ale zaraz potem stracił kontrolę nad robotem i się rozbił. Ta śmierć nie jest "jawna", tzn. można by snuć teorie, że być może Goal była w błędzie i drugi klon przeżył, choć z drugiej strony nie ma żadnych poszlak, które mogłyby poddać w wątpliwość jej słowa.
3) Trzeci klon na końcu gry spada ze statku-szalupy Organonu, a za nim skacze jego fan. Myślę że ważny jest tu fakt, że śmierci TEGO Rufusa nie ma i nie jest przez nikogo wspomniana. Nie grałem jeszcze w czwartą część, ale podejrzewam że jakimś cudem obaj przeżywają.

Co do punktu 2, to ostatni klon Rufusa wyraźnie mówi przed wystrzałem z armaty, że przebranie Kleusa ściągnął z własnego martwego ciała, czyli nie ma wątpliwości, że ten klon także nie żyje.