Dodatek składa się z 9 misji dla jednego gracza, jednak nie wszystkie udostępnione zostały w dniu premiery. Blizzard podzielił "Tajne operacje Novy" na trzy części i w dniu premiery udostępnił graczom wyłącznie pierwsze trzy misje. Drugi zestaw ukazał się na początku sierpnia, a trzy misje finałowe pod koniec listopada 2016 roku.
Kontynuując tradycję primaaprilisowych żartów, w związku z premierą "Tajnych operacji" Blizzard zaprezentował darmową grę arcade'ową na przeglądarki w starym, konsolowym stylu - "Maximum Novadrive" (nawiązanie do horroru "Maximum Overdrive").
Gdy w drugiej misji przeskanujemy teren za bazą zergów dowiemy się, skąd zwierzaki wzięły się na Borei.
Nazwa czwartej, rozgrywającej się w kurorcie wypoczynkowym misji, oddaje hołd klasycznej komedii przygodowej "Kłopoty w raju" z Raquel Welch.
Utwór odtwarzany na gramofonie Valeriana Mengska, w filmie po misji "Punkt zwrotny", to "Dearest Helena". Prawdziwi fani "StarCrafta" zauważą, że wcześniej towarzyszył finałowi "Brood War".
Po oswobodzeniu placówki górników, w centrum mapy w misji "Koszmary nocy", otrzymamy dostęp do zupełnie nowych oddziałów piechoty, nieznanych z innych części "StarCrafta". To HERCi - jednostki, które miały być dodane do gier wieloosobowych w "Legacy of the Void". Jednak usunięto je podczas beta-testów, zastępując liberatorami.
Blizzard w pomysłowy sposób promował grę. Zaangażował społeczność "StarCrafta" w szukanie kodów dostępu do zestawu wyników śledztwa dziennikarskiego Michaela Liberty'ego nt. Obrońców Ludzkości. Utworzono także twitterowy profil znanej z "Wings of Liberty" dziennikarki Kate Lockwell. Ci, którym udało się odkryć prawdę, otrzymali w nagrodę unikatowy portret.
Utwór, który można usłyszeć w filmie przed misją "W cieniu wroga" to "Brood War Aria" z filmiku otwierającego "Brood War".
W misji "W cieniu wroga" trzeba się trochę natrudzić, by znaleźć dwa bardzo ciekawe Easter eggsy. Po dodaniu do arsenału Novy reaktora fazowego należy udać się do północnego pokoju z dodatkowym uzbrojeniem. W jego północno-wschodnim rogu jest mały korytarz. Można do niego wejść, wyłącznie teleportując się z pomocą reaktora. Podążając korytarzem trafimy wpierw do sekretnego pokoju, w którym grupka Obrońców Ludzkości ćwiczy jogę. Idąc (z pomocą teleportera) dalej dotrzemy do drugiego sekretnego pomieszczenia, w którym kryje się dodatkowa broń, niewspomniana w briefingu przed misją. To połączenie strzelby i miecza (ang. "Blazefire gunblade"), znane z "Final Fantasy XIII".
W misji "Koszmary nocy" aby wykonać zadania dodatkowe musimy pokonać dwóch bossów. Pierwszy z nich - nosiciel plagi - to zupełnie nowa istota w uniwersum "StarCrafta", jednak jego model bazuje na tym, jak wyglądać miał infektor we wstępnej fazie prac nad "Wings of Liberty". Drugi to robot eksterminator, który skanduje "Exterminate, exterminate!" - niczym Dalekowie z serialu "Dr. Who".
Ostatnia misja toczy się na platformie kosmicznej, wokół której orbituje ikoniczny satelita, znany już z filmiku otwierającym pierwszego "StarCrafta".
W pierwszym etapie misji "W cieniu wroga" na południowo-wschodnim krańcu mapy jest ukryty pokój, do którego można się dostać wyłącznie z pomocą jetpacka (trzeba wskoczyć na klif). W pomieszczeniu przebywa moopy (starcraftowa wersja ewoka z "Powrotu Jedi", znana z misji "Uwolnić przeszłość" z "Legacy of the Void") w otoczeniu 4 zielonych mutantów. Czyżby "Wojownicze żółwie ninja"?
Jeśli Nova zginie walcząc z jednym z bossów podczas misji "Koszmary nocy", a po zmartwychwstaniu wróci w to samo miejsce, pojawi się komunikat "+800 odzyskanych dusz" (lub adekwatny, będący stukrotnością liczby zabitych wcześniej w jaskini wrogów). Nie ma on wpływu na rozgrywkę, ale jest nawiązaniem do serii gier "Dark Souls".
Przy wschodniej granicy mapy w misji "Mroczne niebiosa" są dwa nawiązania do "Heroes of the Storm" - specjalna struktura z hologramem akcesorium do gry (Łamacza gwiazd) oraz plakaty ze skórką Królowej Duchów dla Kerrigan.