Gdy matka Isaaca zaczyna słyszeć głos Boga wymagającego, by dowiodła swej wiary, składając ofiarę, Isaac ucieka do piwnicy. Musi się tam zmierzyć ze stadami obłąkanych wrogów, zaginionym rodzeństwem, własnymi lękami oraz ostatecznie z własną matką.

"The Binding of Isaac" to fabularna gra akcji z losowo generowanymi poziomami oraz wieloma elementami z gier rougelike. Podążając za Isaaciem w jego wędrówce, gracz odnajdzie dziwne skarby, które zmienią Isaaca, nadając mu nadludzkie zdolności i umożliwiając odkrywanie sekretów, walkę ze stadami tajemniczych potworów oraz wywalczenie drogi na wolność.