Fabuła "The X Files: Resist or Serve" osadzona została w realiach siódmego sezonu kultowego serialu. Fox Mulder (David Duchovny) i Dana Scully (Gillian Anderson) wyruszają do miasteczka Red Falls, znajdującego się gdzieś w Górach Skalistych. Mają tam miejsce dziwne morderstwa, którym podobno towarzyszą zjawiska paranormalne. Agenci trafiają na trop nieludzkiej postaci i podążają za nią na odludzia Syberii, do tajemniczego ośrodka badań naukowych. W trakcie podróży znajdują pojazd kosmiczny, który został pogrzebany dawno temu. Fox i Scully mają za zadanie wyjaśnić przerażającą historię i uchronić Ziemię przed inwazją obcych. By tego dokonać gracz wcielający się w postaci agentów będzie musiał przetrwać, rozwiązywać zagadki i wiązać ze sobą różne fakty.