Ludzkość przegrała wojnę z przybyszami z kosmosu zwanymi Retikulanami i zgodziła na ich warunki: opuszczenia Ziemi i zamieszkania na ogromnym statku orbitującym wokół planety zwanym Laputą. Pół wieku później, w roku 2054 wskutek wewnętrznego konfliktu statek zostaje zniszczony, ale części mieszkańcom udaje się uciec i zdobyć drugi podobny statek kontrolowany przez obcych. Stamtąd nawiązują kontakt z mieszkańcami Ziemi, których wcześniejsze pokolenie nie przyjęło warunków kapitulacji. Okazuje się, że zmagają się nie tylko z pozostałościami biologicznego ataku Retikulan podczas wojny - mutantami, ale pozostają w niepewnych relacjach z innymi zamieszkałymi na planecie frakcjami: potężnymi cyborgami i potrafiącymi kontrolować umysły Psioniczkami. Lapucianie postanawiają wmieszać się w sprawy ziemskie, co nie spodoba się wcześniejszym agresorom.