Kampania opowiada o dalszych losach znanego z poprzedniej części bohatera imieniem John Yesterday. Fabuła toczy się dwutorowo i pozwala nam prześledzić wydarzenia mające miejsce zarówno współcześnie, jak i w czasach Hiszpańskiej Inkwizycji. Po względem mechanizmów rozgrywki "Yesterday Origins" stanowi bezpośrednią kontynuację rozwiązań ze swojego poprzednika.

Otrzymujemy zatem klasyczną przygodówkę point-n-click, w której zajmujemy się głównie eksplorowaniem lokacji, prowadzeniem rozmów z postaciami niezależnymi, gromadzeniem przedmiotów oraz rozwiązywaniem łamigłówek. Dla mniej doświadczonych graczy przygotowano pomocny system podpowiedzi. "Yesterday Origins" nie wykorzystuje elementów z poprzednich gier studia.

Jest to bowiem pierwsza gra w dorobku Pendulo, która wykonana została w pełnym trójwymiarze. Przestawienie na 3D nie odbyło się jednak kosztem urody gry i całość dalej utrzymana jest w mocno kreskówkowej stylistyce.