Po przegranej bitwie z Godzillą o Ziemię, ludzkość wyruszyła szukać nowego domu. Po 20 000 lat poszukiwania okazują się bezowocne i potomkowie podróżników decydują się na powrót na planetę przodków. Ziemia nie przypomina już jednak dawnego miejsca. Zmieniona fauna i flora służy teraz Godzilli, a środowisko jest niebezpieczne jak nigdy. Kapitan Haruo Sakaki decyduje się jednak odzyskać planetę.