Jest to ostatni film o Godzilli którego producentem był Tomoyuki Tanaka. Był on jedynym człowiekiem który pracował przy wszystkich poprzednich filmach o Godzilli.
W oryginalnym pomyśle Godzilla miał walczyć z duchem Godzilli z 1954 roku. Projekt "Godzilla VS Ghost Godzilla", został odrzucony, ponieważ producenci nie chcieliby Godzilla walczyła ze swoim klonem trzeci raz z rzędu po "Godzilla VS Mechagodzilla" (1993) i "Godzilla VS Spacegodzilla" (1994). Woleli wykorzystać niszczyciel tlenowy z pierwszego filmu.
Koichi Kawakita wpadł na pomysł zabicia Godzilli.
Jest to ostatni film serii Versus/Heisei. Trzecia seria filmów zwana "Serią Millennium" rozpoczyna się filmem "Gojira ni-sen mireniamu" (1999).
Monoko Kochi gra w filmie Emiko Yamane. Aktorka ta wystąpiła w pierwszym filmie Ishiro Hondy "Godzilla - król potworów" z 1954 roku. "Godzilla kontra Destruktor" to jej ostatni film. Zmarła na raka trzy lata później.
Scena, w której komandosi walczą z wczesnymi formami Destruktora, jest wyraźnie inspirowana filmem "Obcy - Decydujące starcie" Jamesa Camerona.