W roku 1992 do Japoni przybywają wysłannicy z przyszłości i przestrzegają, że należy zniszczyć Godzillę, gdyż wkrótce doprowadzi ona do tragedii i zniszczy Japonię. Okazuje się także, że Godzilla była kiedyś Tyranozaurem, ale pod wpływem promieniowania i reakcji jądrowych przeprowadzonych przez ludzi zmutowała. Plan zlikwidowania Godzilli udaje się, ale doprowadza do powstania innego monstum - Kinga Ghidorah, który pustoszy Japnię i tylko Godzilla może go pokonać. Znów zostaje wysłana ekspedycja, by tym razem uratować Godzillę. Doprowadza to do pojedynku w miastach Japonii pomiędzy dwoma monstrami. Godzilla po wygranej zaczyna pustoszyć Japonię. I tylko zmodyfikowany King Ghidorah jest w stanie ją powstrzymać. A jak się okazuje, Ci z przyszłości nie są dokładnie tymi, za których się podają ...

Nad Tokio pojawia się olbrzymie UFO - wehikuł czasu z XXIII stulecia. Jego pasażerowie pozostawiają na atolu Bikini trzy małe zwierzątka. Mutacje spowodowane wybuchem bomby wodorowej zmieniają je w wielkiego trójgłowego potwora, zwanego Król Ghidorah. Przybysze z przyszłości żądają kontroli nad Japonią - odmowa oznacza totalną zagładę, której dokonać ma sterowany przez nich Król Ghidorah. Niszczycielskiemu atakowi potwora może stawić czoła tylko Godzilla.