Film przedstawia ostatnie lata życia Janusza Korczaka (właśc. Henryk Goldszmit, 1879-1942) – polskiego Żyda, lekarza, pisarza, wychowawcy, pedagoga i psychologa, który opracował oryginalny system kształtowania i rozwijania osobowości dziecka i próbował go wprowadzać w kierowanych przez siebie domach sierot polskich i żydowskich. Śledzimy jego losy od momentu odebrania mu przed wojną cyklicznej audycji pogadanek Starego Doktora w Polskim Radiu, przez pobyt w warszawskim getcie, gdzie, odrzucając jedną po drugiej szansę ratunku dla siebie, starał się chronić dzieci przed okrucieństwem nazistów i zapewniać im ułudę normalnego życia, aż do sierpnia 1942, gdy wyprowadzony ze swymi prawie 200 podopiecznymi na Umschlagplatz wsiadł do pociągu, który zawiózł ich do komory gazowej w Treblince.
Filmowa historia ściśle trzyma się faktów. Agnieszka Holland, pracując nad scenariuszem, korzystała z dzienników i listów Korczaka, z relacji ludzi, którzy się z nim stykali, z opowieści swojego ojca, który go dobrze znał. Znakomite zdjęcia, utrzymane w tonacji przygnębiającej szarości, pomagają stworzyć klaustrofobiczny nastrój ciasnoty, zagęszczenia, powszedniego koszmaru otaczającego Korczakowską enklawę dziecięcych przeżyć i doświadczeń. Mocna, wyrazista kreacja Wojciecha Pszoniaka w roli tytułowej tworzy gęsty i żywy obraz heroizmu bez sztucznego patosu, świętości bez oficjalnych sankcji. Credo Wajdy tyczące tego filmu było proste: "Myślałem sobie, że stary reżyser ma prawo zrobić czarno-biały film, wzruszający, w którym występują dzieci i który opowiada o dziwnym człowieku, stwarzającym dzieciom sztuczny świat w rzeczywistości nienadającej się do życia. To była cała moja myśl".
Gdy jednak "Korczaka" pokazano na MFF w Cannes, dziennikarka "Le Monde" Daniele Heymann zarzuciła reżyserowi "świadome fałszowanie historii Holocaustu w celu ukrycia rzekomego udziału Polaków w tej zbrodni". Pisała: "I otóż, kogo widzimy wokół Korczaka, którego ze zrozumiałą przyjemnością interpretuje Wojtek Pszoniak? Niemców (oczywiście brutalnych) i Żydów, zrezygnowanych bądź kolaborujących. Polaków brak. Warszawskie getto? To sprawa między Żydami a Niemcami. O tym właśnie chce nas przekonać Polak". Był to początek burzliwej polemiki, jak rozgorzała we Francji w związku z filmem Wajdy (zbiegła się ona ze zbeszczeszczeniem grobów żydowskich w Carpentras). Zarzucano mu m. in., że "w niedostateczny sposób pokazał polski antysemityzm". Pisarz Isi Beller mówił: "W »Shoah«, filmie Claude'a Lanzmanna, widzimy ten zwyczajny antysemityzm Polaków, który nie zostawił w nich żadnego osadu poczucia winy. Ale to się zupełnie nie pojawia w »Korczaku«. Co więcej, pokazując Polaka rzucającego chleb Żydom w getcie (co jest faktem prawdziwym, ale jakże wyizolowanym), Wajda sugeruje, że istniało wsparcie ze strony Polaków". W symbolicznym zakończeniu, z Korczakiem i dziećmi wybiegającymi z wagonu w krajobraz jakby niebiański, niektórzy Francuzi widzieli nawet zanegowanie istnienia komór gazowych! "Mnie ono nie razi, ale wolałbym, żeby potem, kiedy już wagon się zamyka, nie było nic" – mówił Pszoniak. Za innym zakończeniem, wg niego, optował też Roman Polański: "mówił, że to piękny film, piękny scenariusz, i że to, co tamci mówią, jest bzdurą, ale on też wolałby, żeby się skończyło inaczej"). A Wajda wyjaśniał: "Autorka scenariusza Agnieszka Holland stworzyła scenę poetycką. Może rzeczywiście światu potrzebna jest dosłowna brutalność? Ale gdybym musiał zakończyć ten film sceną dosłowną, tobym raczej w ogóle zrezygnował z filmu". Niedługo później, po pokazie w Jerozolimie, finał "Korczaka" odczytano jako symboliczny obraz narodzin państwa Izrael!
"Nie mam wątpliwości, że to jeden z wielkich filmów Andrzeja Wajdy, jak »Popioły«, »Ziemia obiecana«, »Człowiek z marmuru« – pisał Wiktor Woroszylski. – Istnieje sztuka, która opowiada świat, istnieje taka, która go pokazuje. Wajda czyni jedno i drugie, ale w swoich wielkich filmach nade wszystko buduje świat, historycznie bliższy lub dalszy, taki, który egzystował realnie, agresywnie, cieleśnie, ale zapadł się pod ziemię, zasypany został przez popiół czasu, i po to, by się stał na nowo, by pulsował krwią i nadzieją, artysta musi go zbudować, tchnąć weń własną siłę i przekonanie, własną intensywną obecność".
W Polsce w latach 60. przygotowywał się do filmu o Korczaku Aleksander Ford. Jego wyjazd z kraju w 1968 położył kres tym zamiarom. Pierwszym pomysłem Wajdy na fabułę o Starym Doktorze był film amerykański, a główną rolę miał zagrać Richard Dreyfuss. Od swego amerykańskiego producenta Wajda usłyszał wtedy w Paryżu: "Mam znakomity początek filmu. Rzecz dzieje się w Rzymie, prawdopodobnie podczas jakiegoś procesu o beatyfikację. Jakiś ksiądz przedstawia papieżowi wspaniały, fantastyczny życiorys jakiegoś świętego. I dopiero gdy sekretarz kończy czytać, siedzący obok papieża kardynał zwraca się do Ojca Świętego i mówi: – Tylko że to był Żyd. Pojawia się wielki napis »Dr Korczak« i zaczyna się film".