Tommy, dręczony ciągłymi koszmarami, postanawia upewnić się raz na zawsze, że Jason nie żyje. Rozkopuje grób i w furii przebija jego ciało metalowym prętem. Na nieszczęście piorun uderza w owy pręt sprowadzając nowy koszmar na Camp Cristal Lake...

Dręczony koszmarami Tommy (Thom Mathews), znany z poprzednich dwóch części, chce raz na zawsze upewnić się, że koszmar jego życia - morderca Jason Voorhees (C.J. Graham) - jest całkowicie martwy. Odkopuje jego grób i przebija jego ciało prętem. Niestety, burza uderza w pręt, przez co Jason ożywa. Zabija on przyjaciela Tommy'ego, jemu samemu udaje się zbiec. Nikt mu nie wierzy i przez policję zostaje uznany za niepoczytalnego. Tymczasem Jason powraca nad Crystal Lake, gdzie organizowany jest obóz dla małych dzieci. Opiekunowie dzieciaków muszą stawić czoła bezwzględnemu zabójcy.

Tommy Jarvis, który wciąż przebywa w kolejnych klinikach psychiatrycznych, pragnie zerwać z przeszłością. Postanawia wykopać zwłoki Jasona Voorheesa i przebić je stalowym prętem, wierząc, że w ten sposób unicestwi go na zawsze. Gdy chłopak postanawia zrealizować plan, zrywa się burza, a uderzenie pioruna wskrzesza nieboszczyka, który czym prędzej rusza w znajome strony Crystal Lake, by znowu mordować.

"Piątek trzynastego VI: Jason żyje" to kolejna odsłona popularnej swego czasu serii horrorów. Tommy, bohater dwóch ostatnich odsłon serii, po serii traumatycznych przeżyć, przebywa w klinice psychiatrycznej. Nękany złymi przeczuciami, postanawia udać się na cmentarz, gdzie leży pochowany Jason, wykopać jego zwłoki oraz wbić w nie metalowy pręt i raz na zawsze odesłać Jasona daleko stąd. Jak chciał, tak zrobił. Jednak osiągnął cel odwrotny do zamierzonego - ożywił mordercę, który powraca do Crystal Lake, by dalej mordować.

Tommy Jarvis jedzie z kolegą z kliniki na cmentarz. Chce się upewnić, że Jason naprawdę nie żyje. Rozkopuje grób i w przypływie złości wbija w ciało nieboszczyka metalowy pręt. W ów pręt trafia piorun, wskrzeszając Jasona. Psychopata zabija towarzysza Tommy'ego, a jemu samemu udaje się uciec. Voorhees kieruje się nad jezioro Crystal. Od tej pory nikt już nie będzie bezpieczny. Koszmar zaczyna się na nowo...