Na kraniec wszechświata zostaje wysłana misja. Jej cel jest jeden - dotrzeć do rasy obcych, która stworzyła człowieka. Wkrótce naukowa misja "Prometeusza" przeradza się w horror oraz walkę o przetrwanie. Załoga musi stawić czoła obcym. Losy ludzkości zależą od tej konfrontacji...

Mamy rok 2089, zespół archeologów pod kierownictwem Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) odkrywa tajemnicze piktogramy, które są według nich dziełem starożytnej cywilizacji. By dowiedzieć się więcej o autorach znaków, wyruszają supernowoczesnym statkiem kosmicznym o nazwie "Prometeusz" do odległego zakątka naszego wszechświata. Otóż całą wyprawę finansuje korporacja Weyland Industries, którą na statku reprezentuje bezwzględna Meredith Vickers (Charlize Theron). Naukowcy wierzą, że uda im się nawiązać pokojowe kontakty z Obcymi, ale okazuję się, że twórcy znaków są bardzo niebezpieczni. Shaw i jej towarzysze będą musieli stoczyć walkę o własne życie i przyszłość całej ludzkiej rasy.

Rok 2089. Archeolodzy Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) i Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) odkrywają w Szkocji piktogramy wykonane ponad 35000 lat wcześniej. Podobne znaki pojawiały się w kulturach niemal wszystkich starożytnych cywilizacji. Shaw i Holloway dochodzą do wniosku, że ludzkość mogła zostać stworzona przez pozaziemską inteligencję, którą nazywają "Inżynierami". Niecałe trzy lata później statek badawczy Prometeusz dociera od znajdującego się na obrzeżach wszechświata układu słonecznego. Kapitanem statku jest Janek (Idris Elba), a w skład ekspedycji, oprócz Elizabeth i Charliego, wchodzą miedzy innymi android David (Michael Fassbender) oraz Meredith Vickers (Charlize Theron), przedstawicielka korporacji finansującej badania. Celem misji jest ustalenie kto i w jakim celu stworzył ludzkość. Badacze nie spodziewają się jednak, że szukanie odpowiedzi na pytania o pochodzenie ludzkości może doprowadzić do jej końca.

W obrazie "Prometeusz" grupa naukowców i badaczy podróżuje do najmroczniejszych zakątków wszechświata w poszukiwaniu początków rodzaju ludzkiego. Lecz to, co odkrywają, może zagrozić życiu na Ziemi. Rozpoczyna się przerażająca batalia, w której stawką jest przyszłość całej ludzkości.