Jego ciało zostało znalezione 2 października 1974 roku w pobliżu miejscowości Kletskaya (Rosja) na pokładzie statku wycieczkowego "Dunai", pływającego po wodach Wołgi. Ta nagła śmierć pozostaje niewyjaśniona, rodzina i przyjaciele artysty kwestionują oficjalną wersję podającą jako przyczynę zgonu zawał serca. Jednak sowieckie władze odmówiły przeprowadzenia śledztwa.
Vasili Shukshin został pochowany na Cmentarzu Nowodziewiczym w Moskwie (Rosja).