Niedaleka przyszłość, Japonia, za pomocą ogromych robotów, została podbita przez Imperium Brytanni i nazywana jest aktualnie Areą 11. Mieszkający tam Lelouch Lamperouge, aktualnie pochodzący z Brytanni, pewnego dnia przypadkowo odkrywa tajny projekt Imperialnej armii. Projekt ów, będący w rzeczywistości młodą dziewczyną, ratuje go przed śmiercią z rąk Imperialnych żołnierzy, oddając za niego swoje życie. Lelouch słyszy w głowie jej głos, oferujący wielką moc, w zamian za spełnienie jej życzenia. Chłopiec się godzi, dzięki czemu zyskuje Geass - moc, pozwalającą mu wydawać rozkazy, którym nie sposób się sprzeciwić. Pod fałszywą tożsamością - Zero - staje do walki z Imperium Brytanni.

Alternatywna rzeczywistość - Po wielkiej wojnie potężne Imperium Brytyjskie utrzymuje w swym panowaniu większą część globu. Podbiło ono także Japonię, która została nazwana strefą numer 11.

Lelouch Lamperouge ze swoim kolegą Rivalem jadą już grubo spóźnieni na zajęcia do szkoły gdy zdarza się wypadek drogowy. W wyniku zaistniałych okoliczności Lelouch poznaje tajemniczą dziewczynę imieniem C.C i zdobywa tajemniczą moc zwaną Geass. Bohater przy pomocy swojej inteligencji oraz przy użyciu nowej mocy ma zamiar uwolnić świat od Imperium Brytyjskiego, zaczyna się tytułowa rebelia Leloucha.

Rok 2010, obejmujące swą powierzchnią 1/3 globu Imperium Briytyjskie podbija Japonię, przy pomocy mechów nazywanych ,"Knightmares". Japonia jest kolejnym podbitym terenem Imperium, teraz mieni się ją Strefą 11. Lelouch  jest młodym brytyjskim studentem, który opiekuje się swą sparaliżowaną i niewidomą siostrą Nunnally.
Pewnego dnia znajduje się w centrum ataku terrorystycznego, dzięki któremu spotyka tajemniczą dziewczynę. Dziewczę powierza mu specjalną umiejętność "Geass'", pozwalającą na kontrolowanie umysłu. Czy Lelouch użyje tej mocy w walce o wolność, czy może nienawiść przeistoczy jego dobre intencje w bezmyślny akt zemsty?